A „Pontificium Collegium Germanicum et Hungaricum”-ban folyó oktatás a teljes emberi érettség, a lelki növekedés, a tudományos kompetencia és a lelkipásztori képesítés folyamatos integrációjára irányul. E képzés fontos eleme a tudományos tanulmányok, amelyeknek a legfontosabb filozófiai és teológiai tartalmak alapos ismeretéhez és összefoglalásához kell vezetniük, és lehetővé kell tenniük a hit szolgálatának tudományosan felelős formáját.

A CGU diákjai általában a Pápai Gergely Egyetemen tanulnak. A Gregorián Egyetem különlegessége, hogy mind a hallgatók, mind a professzorok a világ minden részéből érkeznek. Ily módon megtapasztalható az Egyház konkrét katolicitása. A Gregoriana tanítási nyelve a kötelező kurzusok esetében az olasz. Ezenkívül más kurzusok, valamint a vizsgák legfeljebb hat másik nyelven is megtarthatók.

A kétéves filozófiai alaptanulmányokat (amelyeket az anyaországban fejeznek be) hároméves teológiai alaptanulmányok követik, amelyek a teológia minden fontos kérdésébe való szisztematikus bevezetésként szolgálnak, és az bakaleurátussal zárulnak. A lelkipásztori vagy diakóniai év után következik a szakosodás. A licenciátus megszerzéséhez vezető két-három év a CGU-n folyó képzés szerves részét képezi. Ez a posztgraduális képzés a Gregorián Egyetem valamennyi karán és tudományos intézményében, valamint a többi római pápai egyetemen és Athenaeumban is lehetséges. A szakirány megválasztása a hallgató hajlamától és kedvétől, valamint a hazai egyházmegye követelményeitől függ. Ez a specializáció doktori képzésben folytatható.