A növendékek lelki-pasztorális képzése részben a kollégiumban, részben a hazai az otthoni egyházmegyében, valamint más alkalmas helyeken történik Olaszországban vagy a hazájukban. Mivel a lelkipásztori helyzet és a képzési koncepciók a különböző származási országokban és egyházmegyékben esetenként nagymértékben eltérnek egymástól, minden egyes hallgatónak arra kell figyelnie, hogy mire van szüksége.
Gyakorlatok
Az alapképzés, azaz a teológia 1. ciklusa alatt a hallgatóknak a rektorral vagy az otthoni rektorral egyetértésben a római tanulmányaik alatt vagy a nagyszünetek alatt otthon különböző területeken kell gyakorlatot végezniük: pl. diakóniai intézményekben, plébánián, ipari és munka világában, ifjúsági munkában, stb.
Lelkipásztori tanfolyamok
A tanév során a lelkipásztori tanfolyamok gyakorlatokkal egészítik ki a tudományos képzési programot: A kollégiumban hangképzés és beszédképzés, homiletika, bevezetés a diakónusok és papok liturgikus szolgálatába, gyónási casus és prédikációs elbeszélgetés kiértékelési és kurzusokat tartanak.
Ezen kívül vannak személyes fejlődéssel kapcsolatos tanfolyamok, például a cölibátusról és a bántalmazás témájáról.
Lelkipásztori év
A „teológiai bakaleurátus“ megszerzése után a szeminaristák általában a saját egyházmegyéjükben maradnak egy lelkipásztori vagy diakóniai évre. Egyes egyházmegyékben a jelölteket ebben az évben szentelik diakónussá, és Rómában szentelik pappá a licenciátusi tanulmányaik kezdetén vagy közben; más egyházmegyékben szokássá vált, hogy a diakónussá szentelés Rómában, a pappá szentelés pedig a hazai egyházmegyében történik.
A „Pontificium Collegium Germanicum et Hungaricum” célkituzése, hogy a papnövendékek szellemi és lelki érettségét, a tudományokban való jártasságát és pasztorális képzettségét elmélyítse és elosegítse.