Seit seiner Gründung im Jahre 1552 ist die Verantwortung für das Germanicum der Gesellschaft Jesu anvertraut. Dementsprechend ist die Leitung des Kollegs dem Generaloberen des Jesuitenordens übertragen, welcher in seiner Amtsausübung von einem Delegaten vertreten wird. Der Delegat hält jährlich eine Visitation im Kolleg. Die Ernennung des Rektors des Kollegs obliegt Pater General, während der Delegat die übrigen Mitarbeiter in der Kollegsleitung (P. Minister, Ökonom, Studienpräfekt), den Pater Spiritual und die anderen im Kolleg tätigen Jesuiten ernennt. Zur Zeit sind folgende Jesuiten im Kolleg tätig:
P. Gernot Wisser SJ
P. Gernot Wisser SJ trägt für die Leitung des Kollegs und für die wirtschaftliche Verwaltung die unmittelbare Verantwortung und trifft die dafür notwendigen Entscheidungen. Dem Studenten gegenüber vertritt er den Heimatbischof und nimmt so die Verantwortung für seinen gesamten Ausbildungsweg war.
Geboren 1956, ist er in Wien aufgewachsen, hat dort Architektur studiert und 6 Jahre in diesem Bereich gearbeitet. Ab 1986 Studium der Theologie in Wien und dann in Rom als Seminarist im Kolleg. Nach der Priesterweihe ist er in den Jesuitenorden eingetreten und hatte verschieden Aufgaben in Wien inne. Von 2008-2014 war er Provinzial der Österreichischen Jesuiten, danach für ein Sabbatjahr in Guatemala und schließlich 6 Jahre Pfarrer in der Universitäts-Pfarre in Innsbruck.
Er ist seit Juli 2021 Rektor des Kollegs.
P. Friedrich Prassl SJ
P. Minister Fiedrich Prassl SJ ist - wie bei den Jesuiten üblich - als sog. „Minister“ für die administrativen Belange des Kollegs und der Villa San Pastore verantwortlich. Er ist der Vorgesetzte des Kollegspersonals und Anlaufstelle für die Gäste des Hauses. Als Ökonom trägt er zudem Sorge um die wirtschaftliche Verwaltung des Kollegs und der Fundation. Außerdem ist er beauftragt, die Seelsorge in der Kirche Santo Stefano Rotondo wahrzunehmen. Pater Prassl wurde 1964 in Bad Radkersburg geboren. Er arbeitete als Touristikkaufmann in Lausanne, Zürich und Toronto, bevor er 1992 in das Priesterseminar in Graz und 1995 in das Noviziat der Jesuiten in Innsbruck eintrat. Nach seinen philosophischen und theologischen Studien empfing Pater Prassl 2002 in Innsbruck die Priesterweihe. Es folgten eine mehrjährige Tätigkeit als Subregens, Studienpräfekt und Ökonom im Collegium Canisianum und ein Spezialstudium in Spiritualität in Rom. Von 2010 bis 2017 leitete er das Internationale Theologische Kolleg Canisianum in Innsbruck. Seit 2018 ist Pater Prassl Direktor des Kardinal König Hauses in Wien.
P. Elemér Vízi SJ
P. Elemér Vízi SJ ist als Spiritual zuständig für das geistliche Ausbildungsprogramm im Kolleg (Meditationsimpulse, Vorträge, Gesprächsrunden, Exerzitien) und für die Persönliche geistliche Begleitung der Studenten. Er wurde 1974 geboren. Das Studium der Philosophie absolvierte er im Priesterseminar der Erzdiözese Gyulafehervár. Von 1994 bis 1998 studierte er Theologie in Freiburg. Am 30.6.2000 wurde er von Erzbischof FM György Jakubinyi zum Priester geweiht. Im September 2003 trat er in den Jesuitenorden ein. Von 2008 bis 2016 war er Leiter des Zentrums für pastorale Ausbildung in Dobogókő. Seit 2010 zusätzlich auch Direktor des Ignacy Spirituality Centre. Von 2017 bis 2023 war er Provinzial der ungarischen Jesuiten.
P. Johannes Stoffers SJ
P. Johannes Stoffers SJ ist verantwortlich für die studientechnische Begleitung der Studenten des
Kollegs. Seien Aufgaben umfassen neben der Beratung für die Kursauswahl des Grundstudiums
und der Spezialisierung im Lizentiatsstudium, auch die Organisation der Sprachkurse für das
Pastoraljahr.
Pater Johannes Stoffers SJ, geboren 1982, ist 2011 als Paderborner Diözesanpriester in den Jesuitenorden eingetreten. Nach dem Noviziat hat er als Seelsorger an der Jesuitenkirche St. Michael in München und an der Münchner Hochschule für Philosophie mitgearbeitet. Er ist derzeit außerordentlicher Professor an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom. 2022 wurde er auch Bibliothekar im Kolleg.