Die Ausbildung im „Pontificium Collegium Germanicum et Hungaricum“ ist auf eine kontinuierliche Integration ganzmenschlichen Reifens, geistlichen Wachstums, wissenschaftlicher Kompetenz und pastoraler Befähigung hingeordnet. Ein wichtiger Aspekt dieser Ausbildung ist das akademische Studium, das zu einer fundierten Kenntnis und Zusammenschau der wichtigsten philosophischen und theologischen Inhalte führen und zu einer wissenschaftlich verantworteten Form des Dienstes am Glauben befähigen soll.

Die Studenten des CGU studieren in der Regel an der Päpstlichen Universität Gregoriana. Die Besonderheit der Gregoriana liegt vor allem darin, dass sowohl die Studenten als auch die Professoren aus allen Teilen der Welt kommen. So wird die konkrete Katholizität der Kirche erfahrbar. Die Unterrichtssprache an der Gregoriana ist für die Pflichtkurse Italienisch. Daneben können andere Lehrveranstaltungen, wie auch die Prüfungen, in bis zu sechs weiteren Sprachen abgehalten werden.
Auf das zweijährige philosophische Grundstudium (das in den Heimatländern absolviert wird) baut ein dreijähriges Grundstudium der Theologie auf, das der systematischen Einführung in alle wichtigen Fragen der Theologie dient und mit dem Bakkalaureat abgeschlossen wird. Nach einem Pastoral- bzw. Diakonatsjahr folgt eine Spezialisierung. Die zwei bzw. drei Jahre bis zum Lizentiat sind integraler Bestandteil der Ausbildung im CGU. Dieses Aufbaustudium ist an allen Fakultäten und akademischen Einrichtungen der Gregoriana, sowie an den anderen Päpstlichen Universitäten und Athenäen Roms möglich. Die Wahl des Spezialgebietes richtet sich nach Anlage und Neigung des Studenten und den Erfordernissen der Heimatdiözese. Diese Spezialisierung kann durch ein Doktorat weitergeführt werden.