Die geistlich-seelsorgliche Ausbildung der Studenten erfolgt teils im Kolleg, teils im Heimatbistum, wie auch an anderen hierfür geeigneten Orten in Italien oder im Heimatland. Aufgrund der Tatsache, dass die pastorale Situation und die Ausbildungskonzepte in den verschiedenen Heimatländern und Diözesen sich zum Teil stark voneinander unterscheiden, ist jeder einzelne Student herausgefordert, darauf zu achten, was er braucht.
Praktika
Während des Grundstudiums, d.h. während des 1. Zyklus der Theologie, sollen die Studenten, in Absprache mit dem Rektor bzw. ihrem Heimatregens während des Studiums in Rom oder während der großen Ferien zu Hause Praktika in verschiedenen Bereichen zu übernehmen: z.B. in diakonalen Einrichtungen, in einer Pfarrei, in der Industrie- und Arbeitswelt, in der Jugendarbeit, u.a.
Pastorale Kurse
Pastorale Kurse mit Übungen ergänzen während des Studienjahres das akademische Ausbildungsprogramm: Im Kolleg finden Kurse zur Stimmbildung und Sprecherziehung, zur Homiletik, zur Einführung in den liturgischen Dienst der Diakone und der Priester, Beichtcasus, und Predigtnachbesprechungen statt.
Darüber hinaus gibt es Kurse zur Persönlichkeitsentwicklung, wie einen Kurs zum Thema Zölibat und zum Thema Missbrauch.
Pastoraljahr
Nach Abschluss des Grundstudiums mit dem „Bakkalaureat in Theologie“ halten die Seminaristen sich zu einem Pastoral- oder Diakonatsjahr in der Regel in ihrem Heimatbistum auf. In einigen Diözesen wird den Kandidaten während dieses Jahres die Diakonatsweihe gespendet und die Priesterweihe in Rom zu Beginn oder während des Lizentiatsstudiums, bei anderen Diözesen ist es üblich geworden, die Diakonatsweihe in Rom und die Priesterweihe in der Heimatdiözese zu empfangen.
Die Ausbildung im „Pontificium Collegium Germanicum et Hungaricum“ ist auf eine kontinuierliche Integration ganzmenschlichen Reifens, geistlichen Wachstums, wissenschaftlicher Kompetenz und pastoraler Befähigung hingeordnet.