Drevno podrijetlo

Ova crkva, posvećena časti prvog mučenika, svetog Stjepana, datira iz ranokršćanskog razdoblja. Crkva je sagrađena kao središnja zgrada u tri koncentrična kruga. U isto vrijeme, unutra ima oblik grčkog križa. Ova je konstrukcija slična onoj u bazilici Svetog groba u Jeruzalemu. Upravo zbog tog jedinstvenog oblika, još u 10. stoljeću mislilo se da je crkva izvorno hram poganskog Faunusa ili božanskog cara Klaudija. Zatim je posvećen prvom mučeniku u ranim kršćanskim vremenima, slično poznatijem i također okruglom Panteonu u središtu Rima.

Od antike do srednjeg vijeka

Liber Pontificalis, međutim, svjedoči da je papa Simplicius (468.-483.) posvetio baziliku. Izvorno je ukrašen mozaicima i mramornim oblogama. Nažalost, ovaj nakit je potpuno izgubljen. Sveti Grgur Veliki (Papa od 590.-604.) ovdje je održao neke propovijedi. U 7. stoljeću kosti svetih rimskih mučenika Primusa i Felizianusa prenesene su iz katakombi na Via Nomentani u crkvu. U vanjskom vijencu okrugle crkve sagrađena je veličanstvena kapela za dvojicu mučenika. Ova kapela bila je važno mjesto za hodočasnike u srednjem vijeku. U srednjem vijeku, uglavnom raspadnuta crkva arhitektonski je redizajnirana u velikim razmjerima.

Renesansa

Papa Nikola V. (1447.-1455.) želio je učiniti da vječni grad ponovno procvjeta nakon progonstva u Avignonu. Renesansne komponente bazilike datiraju iz tog razdoblja, poput ulaznog portala i osmerokutnog oltarnog otoka. Povjerio je Mađarskom redu Pavlina pastoralnu skrb Crkve, na poticaj rimskog ispovjednika i prokurista Pavlovog reda Kapusija Bálinta, koji je imao dobar odnos s Papom. Samostan uz crkvu postao je rimska matična kuća reda i grobno mjesto redovnika između 1454. i 1580. godine.

Pad

Poraz Mađara protiv Turaka u Mohácsu (1529.) i širenje reformacije doveli su Red u opasnost. Okupacijom Bude (1541.-1686.) uništeno je i obližnje središte Reda u Budaszentlorincu. Godine 1580. u samostanu u Rimu živio je samo stari pustinjak.

Osnivanje Kolegija Hungaricum

Nekadašnji pitomac Collegium Germanicum, isusovac István Szántó, došao je na ideju o osnivanju Collegium Hungaricum na mjestu samostana. Taj je plan podržao i papa Grgur XIII. Međutim, Collegium Hungaricum, osnovan 1579. godine, u koji je bazilika prebačena, morao se ujediniti s Collegium Germanicumom, koji je osnovan 1552. godine, nakon samo godinu dana iz financijskih razloga.

Ujedinjenje

Bazilika je još uvijek vlasništvo Collegium Germanicum et Hungaricum. Od 1946. do 1975. godine Santo Stefano Rotondo bio je naslovna crkva Józsefa kardinala Mindszentyja, tadašnjeg nadbiskupa Esztergoma i primata Mađarske. Od 1985. godine titularna je crkva Kardinala Friedrich Wettera, nadbiskupa emeritusa Münchena i Freisinga. Kao mladi sjemeništarac i sam je bio student u Pontificium Collegium Germanicum et Hungaricum.